En la mayor parte de los casos no se conocen las causas. Sólo se conocen factores de riesgo que pueden favorecer el tener un hijo con cardiopatía. Dentro de estos factores de riesgo está la edad de los padres (inferior a 18 años o superior a 35); enfermedades de la madre como diabetes, fenilcetonuria, lupus, rubéola durante el embarazo; el consumo de determinados medicamentos (hidantoínas, litio, anfetaminas), alcohol o drogas durante el embarazo; alteraciones cromosómicas (síndrome de Down,  Síndrome de Turner).